O registro das doses aplicadas das vacinas nas Campanhas e de rotina deve ser realizado nos Sistemas de Informação disponíveis pelo MS. As salas de vacinação públicas devem registrar as doses aplicadas das vacinas de rotina no e-SUS APS/PEC conforme a Portaria MS nº 1.883 de 4 de novembro de 2018 - Cadastro no SCNES.

A vacina contra Influenza deve ser registrada  SOMENTE diretamente no SIPNI.

Todas as salas de vacinação pública deverão ter o Cadastro no Sistema Nacional de Cadastro de Estabelecimentos de Saúde atualizado com o tipo de estabelecimento 85 - Centro de Imunização, natureza jurídica pública, e realização de Serviço Especializado 174, Imunização, classificação 002 - Grupos Especiais no seu cadastro e o código de serviços de imunização 174 (Portaria MS nº 2.499 de 23 de setembro de 2019 - registro de vacinas aplicadas na APS)

As salas de vacinas da iniciativa privada, hospitais, maternidades, policlínicas, salas de vacinas dos Centros de Referência de Imunobiológicos Especiais (CRIE) devem registrar as doses aplicadas de rotina e de Campanha no Sistema de Informação do Programa Nacional de Imunizações (SIPNI) (Nota Informativa conjunta nº 4/2023 - DPNI).

As salas de vacinas públicas que utilizam o e-SUS APS/PEC ou sistemas próprios devem providenciar a integração direta com a RNDS bem como as salas de vacinas privadas que possuem sistemas próprios ( Nota Técnica Conjunta DATASUS envio de dados para a RNDS de sistemas próprios e do e-SUS APS/PEC ).

Todas as terminologias utilizadas para registro de vacinas, soros hiperimunes, imunoglobulinas e diluentes deve ser padronizada conforme a  Nota Informativa DPNI/SVSA/MS nº 18/2023 - Padronização da terminologias usadas pelo PNI